2000 yılında gün yüzüne çıkarıldığında ise araştırmacıları asıl şaşırtan şey batığın kendisi değil, içerideki manzaraydı. Mürettebatın tamamı, kaçmaya çalışmadan görev noktalarında hareketsiz şekilde duruyordu. Bu durum, tarihin en ürkütücü denizcilik bilmecelerinden birini doğurdu.
Savaş teknolojilerinin geçmişine bakıldığında, dev savaş makinelerinden çok, dar metal gövdelerin içinde ölümle yüzleşen insanların hikâyeleri öne çıkar. H.L. Hunley de bu hikâyelerin en dramatik örneklerinden biri oldu. 1864 yılında tarihte ilk kez bir düşman savaş gemisini batırmayı başaran denizaltı, zaferinden kısa süre sonra sekiz kişilik mürettebatıyla birlikte ortadan kayboldu.
Aradan geçen 130 yıldan fazla sürenin ardından enkaz bulunduğunda, uzmanlar adeta zamanın donduğu bir sahneyle karşılaştı. Denizciler panik içinde çıkış kapılarına yönelmemiş, aksine görev başında kalmıştı. Bu gizem, uzun yıllar boyunca farklı teorilerin ortaya atılmasına neden oldu.
2017 yılında Duke Üniversitesi’nde yürütülen araştırmalar ise olayın ardındaki gerçeği büyük ölçüde ortaya çıkardı. Bilim insanlarına göre Hunley’in sonunu hazırlayan şey, batırdığı USS Housatonic gemisine karşı kullandığı patlayıcının yarattığı ölümcül şok dalgasıydı. Yaklaşık 135 kilogram barut taşıyan patlayıcı, denizaltıya yalnızca birkaç metre uzaklıktaydı. Su altında oluşan yoğun basınç dalgası metal gövdeyi aşarak doğrudan mürettebatın vücuduna ulaştı.
Biyomekanik analizler, patlamanın etkisinin saniyeler içinde ölümcül hale geldiğini gösterdi. Şok dalgası denizcilerin beyin ve akciğerlerinde ağır hasar oluşturdu. Büyük ihtimalle ne olduğunu anlayamadan hayatlarını kaybeden mürettebat, yerlerinden kalkmaya bile fırsat bulamadı. Böylece Hunley, zafer kazandığı gece kendi mürettebatı için sessiz bir mezara dönüştü.
Her ne kadar bazı detaylar hâlâ tartışılıyor olsa da, bu teori bugün H.L. Hunley’in gizemli sonuna dair en güçlü bilimsel açıklama olarak kabul ediliyor.